Jan-Sjoerd van der Vaart is geboren in 1963 in Velsen en woont sinds 1971 in Oosterhout.
Vanaf 1971 kreeg hij zijn eerste orgellessen van de Oosterhoutse organist van de Sint-Jansbasiliek, Jacques van Bommel, en vervolgens van de organist van de Vredeskerk in Oosterhout, Dick Baan, die zijn opleiding als kerkorganist kreeg van Dirk Janszoon Zwart.
In december 1978 begeleidde Jan-Sjoerd zijn eerste kerkdienst als organist in de Vredeskerk van Oosterhout. Sinds 1983 is Jan-Sjoerd vaste organist van het Moreau-orgel in deze kerk als opvolger van Dick Baan.
Vanaf deze periode begeleidt Jan-Sjoerd regelmatig kerkdiensten in Oosterhout en Drimmelen. Als gastorganist is hij daarnaast werkzaam in de protestantse gemeenten Prinsenbeek, Chaam en in diverse parochies en kloosters.
In de jaren ‘80-’90 studeerde hij verder orgel bij Lambert van Eekelen in Zevenbergen en volgde hij regelmatig orgellessen in Antwerpen bij de kathedraalorganist, Peter Van de Velde.
Naast de Vredeskerk is hij de laatste jaren regelmatig organist in de protestantse gemeenten in Chaam en Prinsenbeek. Verder valt hij als organist geregeld in bij een van de R.k.-parochies in Oosterhout en Den Hout.
Gedurende drie jaar studeerde Jan-Sjoerd aan de koninklijke beiaardschool ‘Jef Denyn’ in het belgische Mechelen. Zijn docent was hier de bekende beiaardier Jo Haazen.
Jan-Sjoerd is als financieel adviseur werkzaam bij de gemeente Etten-Leur.